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Prof. Dr.  Sophia Rudorf

https://orcid.org/0000-0001-7653-3733
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Publikationen

  1. 2024
  2. Veröffentlicht

    Synonymous rpsH variants: the common denominator in Escherichia coli adapting to ionizing radiation

    Stemwedel, K., Haase, N., Christ, S., Bogdanova, N. & Rudorf, S., Sept. 2024, in: NAR Genomics and Bioinformatics. 6, 3, lqae110.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  3. Veröffentlicht

    Decomposing bulk signals to reveal hidden information in processive enzyme reactions: A case study in mRNA translation

    Haase, N., Holtkamp, W., Christ, S., Heinemann, D., Rodnina, M. V. & Rudorf, S., 5 März 2024, in: PLoS Computational Biology. 20, 3, 1011918.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  4. Veröffentlicht

    Utilizing high-resolution ribosome profiling for the global investigation of gene expression in Chlamydomonas

    Gotsmann, V. L., Ting, M. K. Y., Haase, N., Rudorf, S., Zoschke, R. & Willmund, F., 26 Feb. 2024, in: Plant Journal. 117, 5, S. 1614-1634 21 S.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  5. 2023
  6. Veröffentlicht

    Computational analysis of protein synthesis, diffusion, and binding in compartmental biochips

    Förste, S., Vonshak, O., Daube, S. S., Bar-Ziv, R. H., Lipowsky, R. & Rudorf, S., 30 Nov. 2023, in: Microbial cell factories. 22, 1, 244.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  7. Veröffentlicht

    Dominance analysis of competing protein assembly pathways

    Lankeit, J., Förste, S. & Rudorf, S., 24 Feb. 2023, in: PLOS ONE. 18, 2, e0281964.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  8. 2022

  9. Tailoring Codon Usage to the Underlying Biology for Protein Expression Optimization

    Alirezaeizanjani, Z., Trösemeier, J. H., Kamp, C. & Rudorf, S., 28 Jan. 2022, Insoluble Proteins: Methods and Protocols. Garcia Fruitos, E. & Aris Giralt, A. (Hrsg.). New York, S. 85-92 8 S. (Methods in Molecular Biology; Band 2406).

    Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Sammelwerk/Konferenzband › Beitrag in Buch/Sammelwerk › Forschung

  10. 2020

  11. Programming multi-protein assembly by gene-brush patterns and two-dimensional compartment geometry

    Vonshak, O., Divon, Y., Förste, S., Garenne, D., Noireaux, V., Lipowsky, R., Rudorf, S., Daube, S. S. & Bar-Ziv, R. H., Sept. 2020, in: Nature nanotechnology. 15, 9, S. 783-791 9 S.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  12. Modellentwicklung und maschinelles Lernen erhöhen die Proteinausbeute

    Trösemeier, J. H., Rudorf, S., Lößner, H., Hofner, B. & Kamp, C., Mai 2020, in: BioSpektrum. 26, 3, S. 262-264 3 S.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Übersichtsarbeit › Forschung › Peer-Review

  13. 2019

  14. Efficiency of protein synthesis inhibition depends on tRNA and codon compositions

    Rudorf, S., 1 Aug. 2019, in: PLoS Computational Biology. 15, 8, 14 S., e1006979.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  15. Optimizing the dynamics of protein expression

    Trösemeier, J., Rudorf, S., Loessner, H., Hofner, B., Reuter, A., Schulenborg, T., Koch, I., Bekeredjian-Ding, I., Lipowsky, R. & Kamp, C., 17 Mai 2019, in: Scientific reports. 9, 1, 15 S., 7511.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  16. 2018

  17. Decomposition of time-dependent fluorescence signals reveals codon-specific kinetics of protein synthesis

    Haase, N., Holtkamp, W., Lipowsky, R., Rodnina, M. & Rudorf, S., 14 Dez. 2018, in: Nucleic acids research. 46, 22, 7 S., e130.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  18. 2015

  19. Protein Synthesis in E. coli: Dependence of Codon-Specific Elongation on tRNA Concentration and Codon Usage

    Rudorf, S. & Lipowsky, R., Aug. 2015, in: PLOS ONE. 10, 8, 22 S., e0134994.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  20. 2014

  21. Deducing the Kinetics of Protein Synthesis In Vivo from the Transition Rates Measured In Vitro

    Rudorf, S., Thommen, M., Rodnina, M. V. & Lipowsky, R., 30 Okt. 2014, in: PLoS Computational Biology. 10, 10, 17 S., e1003909.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  22. Protein Synthesis by Ribosomes: Mapping In Vitro onto In Vivo Rates

    Rudorf, S., Thommen, M., Rodnina, M. V. & Lipowsky, R., 28 Jan. 2014, in: Biophysical journal. 106, 2, 240a.

    Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Forschung › Peer-Review

  23. 2012

  24. Self-Assembly of Stable Monomolecular Nucleic Acid Lipid Particles with a Size of 30 nm

    Rudorf, S. & Rädler, J. O., 3 Juli 2012, in: Journal of the American Chemical Society. 134, 28, S. 11652–11658

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  25. Transient Phenomena in Gene Expression after Induction of Transcription

    Deneke, C., Rudorf, S. & Valleriani, A., 23 Apr. 2012, in: PLOS ONE. 7, 4, e35044.

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